医院是一个整体，由许多科室组成。包括有：门诊部、住院部。它分为内科、外科、消化、呼吸、心血管、神经、血液、皮肤、眼睛、口腔、耳、鼻、喉、放射等部门，以及实验、实验室和管理部门。洁净手术部只是其中的一部分。

对于洁净手术部来说，又是一个整体。由洁净手术室(包括一类特殊洁净手术室、二类标准洁净手术室、三类一般洁净手术室、四类准洁净手术室、正负压力转换手术室等)组成。)和清洁辅助室(包括一级特殊无菌操作实验室；二级心肺旁路灌注准备室；三级手刷室、消毒准备室、麻醉前室、一次性用品、无菌敷料、仪器、精密仪器储藏室、护士站、洁净走廊、重症监护室；三级康复室、更衣室(二班)和洁净走廊等。

由于洁净手术部是医院不可分割的一部分，也是一个特殊而重要的组成部分，为了防止术后感染，减少交叉污染，洁净手术部应在医院的总体布局中作为一个独立的区域设置，远离污染源，以保持洁净手术部的环境质量。但是，洁净手术部并不是孤立的，它与病理科、血库、外科病房、重症监护病房(重症监护室)、无菌设备敷料供应、废物处理等相关部门有着密切的联系，以确保手术部的必要性。

在洁净手术部的总体规划中，有必要明确污染，方便操作。人流、物流、清洁流和脏流清晰，交叉污染最小化。洁净手术室尤其是Ⅰ级、Ⅱ级等高级别的洁净手术室要设在干扰少、人流少、污染少的部位，而且还要考虑到手术用洁净物品、器械等的供应和术后污物的处理的方便；而污染手术室和正负压转换手术室要远离高级别洁净手术室，不能给其他洁净手术室造成污染。在平面图整体规划时要将净化手术室、清洁輔助用地及其其清洁手术部的用地按：清洁区、通常清洁区、准清洁区和污染区严苛分离；清洁区和污染区中间必须下设缓存间距断。这一点必须使医院各部门和人员有充分的认识和理解。

根据避免交叉感染的要求，洁净手术部人员和货物的流动可按以下顺序安排:

 医护人员  ●医护人员用电梯→人身净化（换鞋、更衣、浴厕、二次换鞋、二次更衣）→洁净走廊或洁净辅助用房→刷手室→洁净手术室。

 手术患者  ●患者用电梯→换车间→洁净走廊→洁净手术室。

 洁净物品 包括：一次性物品、无菌敷料、无菌器械、精密仪器等。

 ●无菌物品库→洁净物品电梯→洁净物品暂存室或中心供应室→洁净手术室。

环境污染物件 包含：一次应用环境污染物件和相对标准偏差应用的废弃物和器材。

 ●一次性污染物品→手术室→清洁走廊→打包间→污物电梯→集中销毁处。

 ●重复性使用物品→手术室→清洁走廊→打包间→污物电梯→集中清洗、消毒、灭菌→无菌物品库。